Το θυλακιώδες καρκίνωμα θυρεοειδούς έχει επίσης καλή πρόγνωση και από κοινού με το θηλώδες καρκίνωμα θυρεοειδούς αποτελούν το λεγόμενο διαφοροποιημένο καρκίνωμα θυρεοειδούς.

.

Στην μικροσκοπική εξέταση μπορεί να είναι δύσκολη η διάκριση του θυλακιώδους καρκινώματος από το θυλακιώδες αδένωμα ή ακόμη και το φυσιολογικό θυρεοειδικό παρέγχυμα. Η διάκριση αυτή μπορεί να γίνει με την διάσπαση της κάψας ή την διήθηση των αγγείων, που χαρακτηρίζει το θυλακιώδες καρκίνωμα (σε αντίθεση με το αδένωμα).

Η διαγνωστική μεθοδολογία είναι ανάλογη με αυτή που ακολουθείται για την διάγνωση του θηλώδους καρκίνου θυρεοειδούς (βλ. παραπάνω).
Επίσης, η θεραπεία του θυλακιώδους καρκίνου θυρεοειδούς είναι γενικά ανάλογη με αυτή του θηλώδους καρκίνου. Η χειρουργική είναι η μέθοδος εκλογής για την αντιμετώπισή του και περιλαμβάνει ολική θυρεοειδεκτομή με ή χωρίς λεμφαδενικό καθαρισμό τραχήλου (βάσει ενδείξεων), σημειώνεται όμως ότι οι λεμφαδενικές μεταστάσεις είναι σπανιότερες σε σύγκριση με τον θηλώδη καρκίνο θυρεοειδούς). Μετεγχειρητικά χορηγείται λεβοθυροξίνη (θεραπεία καταστολής, βλ. παραπάνω για τον θηλώδη καρκίνο θυρεοειδούς). Βάσει των ευρημάτων της ιστολογικής εξέτασης μπορεί να χρειαστεί επικουρική (adjuvant) θεραπεία με ραδιενεργό ιώδιο μετεγχειρητικά.

Μία ιδιαίτερη μορφή θυλακιώδους καρκίνου θυρεοειδούς είναι το καρκίνωμα θυρεοειδούς από κύτταρα Hürthle (παρουσιάζεται σε ξεχωριστή ενότητα).
Το θυλακιώδες καρκίνωμα θυρεοειδούς συνήθως μεθίσταται αιματογενώς (δηλαδή μέσω αιμοφόρων αγγείων) στους πνεύμονες και στα οστά και σπανιότερα στο ήπαρ. Μπορεί επίσης να δώσει μεταστάσεις και στους λεμφαδένες του τραχήλου, αλλά σε μικρότερο ποσοστό σε σύγκριση με το θηλώδες καρκίνωμα. Συχνά οι μεταστατικές εστίες του θυλακιώδους καρκινώματος θυρεοειδούς προσλαμβάνουν (καθηλώνουν) ραδιενεργό ιώδιο, μετά τη θυρεοειδεκτομή, πράγμα που έχει ιδιαίτερη θεραπεία για τη θεραπεία με ραδιενεργό ιώδιο. Οι μακρινές μεταστάσεις (π.χ. στα οστά) μπορεί να εμφανιστούν αρκετά χρόνια μετά την θυρεοειδεκτομή (ακόμη και 10 χρόνια μετά).